日本政府于2002年12月提出“生物技術產業立國”口號，政府把生物產業作為國家核心產業加以發展，出臺了多個重要政策，加速生物技術的利用和生物產業的發展。經過多年的努力，日本已經躋身生物技術強國之列。

    目前，日本在發酵工程、生物醫藥（尤其是基因工程和單克隆抗體制備）、生物環保、生物能源等多個生物技術產業領域均具有獨特優勢。在藥物發現、生物服務、生物儀器和功能食品等方面具有良好的前景。

    日本大力推進環境保護技術，早在1986年通產省就開始實施“大規模水復興90計劃”，以應對歐美和日本對生物整治和廢水處理技術的迫切需求。這項計劃幫助許多企業建立了廢水處理系統。現在，許多日本公司向歐洲出口廢水處理設備和技術。

    日本在生物醫藥領域的發展起步晚于歐美國家，但日本政府采取一系列戰略措施大力支持生物醫藥產業的發展，成果顯著。2003年，日本的生物藥市場規模為3795億日元；2004年，為4182億日元；2005年，達到4594億日元；呈逐步增長趨勢。目前，生物藥在所有批準的藥物中占大約5～10%。由于日本在單克隆抗體藥物制備方面具有優勢，生物藥中抗體藥約占10%，并且呈現進一步增長趨勢。未來的生物藥發展過程中，日本不僅注重與藥物同時使用的活性蛋白的開發，而且注重給藥系統和成藥技術的研發。

    日本生物能源的研究已經進行了20多年。該項工作主要集中在能源生物的生產和生物能源的轉化上,具體表現在以下四個方面：（1）生物體產生甲醇的新穎汽化系統的研究；（2）通過自然產生的細菌的共培養和專用型分解酶，使纖維素和半纖維素生物材料轉化為乙醇的研究；（3）分離和濃縮生物發酵中產生的乙醇的生物膜技術研究；（4）牲畜糞便半固體甲烷發酵系統的研究。

    目前，日本已在一定范圍內培育和改善了能源作物，建立了新的能源植物栽培體系，并且在生物技術轉化方面取得了重要成就，主要表現在以下幾個方面：一是將稻殼進行熱轉化，產生氫氣和一氧化碳；二是將生物體通過蒸汽汽化作用產生甲醇；三是以豬糞便、廚房廢料和城市可燃燒廢料為材料，采用半固體甲烷發酵法生產甲烷；四是完成了原料淀粉酶的篩選；五是纖維素、半纖維素材料直接轉化為乙醇；六是乙醇分離和濃縮的膜技術和用于乙醇生產的膜生物反應器的研制。