面對醫療機構擁有的強勢的市場力量、藥品價格的行政管制與強制降價、刺激價格競爭的藥品招標采購制度，中國制藥業缺乏對成本壓力有效、全面的轉移能力。尤其是政府對醫療機構藥品購銷差價率的管制趨于嚴格，導致其藥品銷售業務的獲利能力顯著下降。以衛生部門綜合醫院為例，其藥品銷售業務的毛利率由2002年的24.55%下降至2008年的16.17%。

    醫療機構獲利能力的受限和下降，進一步削弱了制藥業通過產品價格調整轉移成本壓力的可能性。數據顯示，醫藥制造業2008年的產品出廠價格水平基本與2001年相當（醫藥制造業出廠價格指數2008年約為2001年的100.80%）。并且，在若干年份，受醫療機構轉嫁藥品行政降價壓力和同質競爭的影響，醫藥制造業出廠價格指數甚至出現同比下降。事實上，市場競爭的壓力以及醫療機構對藥品購銷差價率管制采取的變通行為與合謀現象，令我們相信，制藥企業產品價格實際承受的轉嫁壓力，遠高于醫藥制造業出廠價格指數所表現出來的程度。

    另一方面，制藥業低R&D強度及其導致的產品低附加值特征，決定了實物投入成為產品成本的主要構成，從而令其難以獲得吸收成本壓力的充分緩沖。因此，在價格競爭和成本推動的雙重擠壓下，中國制藥業的盈利空間持續收窄。2008年，醫藥制造業的毛利率約為31.62%，已較2002年下降了大約4.13個百分點。不過，制藥業控制費用支出的努力，在一定程度上吸收了成本結構面臨的壓力。2008年，醫藥制造業的（3項）費用率相對于2002年下降了6.92個百分點，從而導致營業利潤率相應上升2.98個百合點，銷售利潤率上升1.88個百分點。