馬鞍山市食品藥品監管局將在零售藥店設立基本藥物專柜作為惠民工程來抓，要求全市藥品零售企業必須設置基本藥物專柜，并將這一規定作為新開辦零售藥店和GSP認證的必要條件之一。目前馬鞍山市396家零售藥店全部設立了基本藥物目錄專柜，專柜內存放著國家基本藥物目錄和安徽省補充藥品目錄的藥品，價格不高于國家和安徽省基本藥物零售指導價格，百姓購藥既方便又實惠。自國家基本藥物制度實施以來，馬鞍山市局就積極鼓勵零售藥店設立基本藥物專柜。起初有些零售藥店想不通，認為醫療機構實施基本藥物“零差率”銷售可得到政府補貼，而藥店則要自己承擔。對此該局負責人認真做企業的思想工作，幫助企業進行商品結構調整，增加獲利點，提高企業的積極性。于是，各零售藥店紛紛行動起來，設立基本藥物專柜。
    為防止藥品經營企業對無利或微利的“基本藥物專柜”不精心“照料”，馬鞍山市局加大了對“專柜”的監督檢查力度。在日常監督檢查中，將基本藥物作為重點檢查品種，規范票據管理，做到票、賬、貨相符，嚴厲打擊“掛靠經營”和“走票過票”行為，從源頭上嚴防假劣藥品流入“專柜”。

    該局還對基本藥物實行全品種覆蓋抽驗。對馬鞍山市3家藥品生產企業生產的30個基本藥物品種每年全覆蓋抽驗一次，對藥品經營企業和醫療機構的基本藥物進行抽樣檢驗。同時實行基本藥物不良反應報告制度。要求各藥品經營企業建立健全基本藥物不良反應報告、調查、分析、評價和處理制度，主動監測、及時分析、處理和上報藥品不良反應信息，對存在安全隱患的藥品及時召回。該局還注重加強對基本藥物配送企業的監管。馬鞍山市局和5家基本藥物配送企業簽訂了《安全目標責任書》，增強企業的責任意識，同時該局對配送企業每年的監督檢查不少于2次，尤其是對購進驗收、儲存養護、出庫復核、運輸等環節加大監管力度，確保基本藥物配送過程中的質量安全。