截至2010年底，已在衛生部、國家食品藥品監督管理局注冊的保健食品有10893個，目前在生產的產品有3928個，而全國具備良好生產規范條件的保健食品生產企業只有1687家。盡管當前我國保健食品監管工作不斷加強，保健食品質量有所提高，但由于我國保健食品在原料供給、生產、加工、銷售等環節的監管還不夠完善，企業守法、自律意識還不夠強，保健食品市場的安全形勢仍不容樂觀。

　　尤其是保健食品生產環節的不規范，直接增加了保健食品的安全風險。有專業人士總結認為，目前我國保健食品生產環節主要存在以下七類問題。

　　　　保健食品廠商違法添加禁用成分

　　擅自更改配方或生產工藝未經衛生許可開展委托加工部分加工方式增加受污染風險異地委托加工加大監管難度

　　按照保健食品法規的相關規定，保健食品中不得添加任何藥物成分。但一些企業為追求經濟效益，不顧社會責任，通過非法添加藥物成分來保證產品功效。如：在減肥類保健食品中添加芬氟拉明、麻黃素、雙氫克脲塞；在調節血糖類保健食品中添加格列本脲、苯乙雙胍；在抗疲勞類產品中加入西地那非；在促進生長發育類產品中加入激素等。

　　保健食品企業擅自更改配方或生產工藝

　　《保健食品管理辦法》規定，保健食品生產者必須按照批準的內容組織生產，不得改變產品的配方、生產工藝、企業產品質量標準以及產品名稱、標簽、說明書等。但不少企業在實際生產中，對產品配方或生產工藝進行了更改，給產品的質量安全增加了不確定性。例如：某保健食品的生產工藝明確規定，通過對原料進行浸提和濃縮、烘干，提取產品內容物，然而生產企業擅自取消浸提濃縮烘干工藝，直接購買浸膏作為原料進行分裝。還有的企業為提高產能更新了生產設備，由于新生產設備與核準工藝要求不符，為適應新設備及廠房情況而隨意更改產品工藝；有的企業所持品種來自其他企業，該產品的審定配方和生產工藝自身存在問題，按原工藝或配方無法生產，為確保生產的可行性而調整工藝或配方。

　　未經衛生許可開展委托加工保健食品

　　部分保健食品委托生產企業并未取得保健食品衛生許可證，而受委托方對委托方是否取得保健食品衛生許可證審查不嚴，或明知其未取得保健食品衛生許可證而為牟取利潤接受委托。

　　部分保健品加工方式增加受污染風險

　　有些企業采用部分委托方式，將生產過程分散在不同企業完成。如：在一個企業進行散粒等半成品加工，在另一個企業進行包裝，這樣易造成中轉、運輸環節的交叉污染。運輸容器、運輸工具不符合衛生要求，人員在操作過程中違反衛生規范行為等，都會增加保健食品受污染的風險。

　　異地委托加工加大監管難度

　　委托企業與受委托企業的所在地不同，日常的監督管理只能由各自所在地的食品藥品監管部門完成，這就導致監管人員難以全面掌握和有效監督整個生產過程，從而使異地委托加工成為日常監督管理的薄弱環節。

　　保健食品原料標準缺失

　　近年來，保健食品原料以次充好、以假亂真等現象時有發生，如：樹膠替代蜂膠，貝殼粉假冒珍珠粉。這類保健食品原料安全事件凸顯了保健食品原料管理存在問題，究其原因，在于我國保健食品原料標準體系不健全，許多原料品種如蜂膠、核酸等，既無國家標準，也無行業標準，使行業規范和監管存在局限。此外，保健食品生產過程中之所以出現使用假冒原料的現象，與缺乏嚴格的原料檢驗標準有很大關系。

　　企業標準備案問題突出

　　保健食品企業標準實行備案制，但各省對保健食品備案要求大不相同，有的地方為藥監部門或標準委員會先行審批，再交質監部門備案；有的地方直接由衛生或質監部門備案，而直接備案可能會造成對保健食品企業標準審查不嚴。

　　保健食品企業標準制定也存在問題，主要表現：一是出廠檢驗項目標準制定過低，個別企業產品出廠檢驗甚至對基本的衛生學檢測項目都未做要求。二是標準制定過高，企業沒有能力按標準要求進行出廠檢驗，例如：標準中規定出廠檢測項目包括致病菌、總黃酮、人參皂甙和吡啶甲酸鉻等，但企業實際檢測能力較低，無法對其進行檢測，而委托檢驗費用又較高，為逃避檢測費用，有的企業未按標準完成成品檢驗即出廠，造成隱患產品流入市場。三是企業標準中對功效成分含量的規定與保健食品批準證書規定的不一致，較批件上要求的功效成分含量低。