可以說，《工業轉型升級規劃》是指導今后五年我國工業發展方式轉變的行動綱領，是落實《中華人民共和國國民經濟和社會發展第十二個五年規劃綱要》的具體部署，也是工業領域其他規劃的重要編制依據，而《醫藥工業十二五發展規劃》是其在醫藥這一細分行業的具體落實。
醫藥工業規劃目標更高
在《工業轉型升級規劃》中，醫藥工業屬于改造提升的消費品工業范疇。《工業轉型升級規劃》要求，以品牌建設、品種質量、優化布局、誠信發展為重點，增加有效供給，保障質量安全，引導消費升級，促進產業有序轉移，塑造消費品工業競爭新優勢。
《工業轉型升級規劃》明確，醫藥行業要以提高重大疾病防治能力和提升居民健康水平為目標，加快實現基因工程藥物、抗體藥物、新型疫苗關鍵技術和重大新產品研制及產業化，支持利用基因工程、酶工程等現代生物技術改造傳統制藥工藝和流程。加強化學新藥研發及產業化，抓住全球通用名藥市場快速增長的機遇，培育國際市場新優勢。堅持繼承和創新相結合，發展療效確切、物質基礎清楚、作用機理明確、質量穩定可控的現代中藥。提高先進醫療裝備和高端生物醫用材料的發展水平，推進核心技術和關鍵部件的研發及產業化。促進基本藥物生產向優勢企業集中，提高生產集約化、規模化水平。推動藥品質量標準和生產質量管理規范升級。建立軍民結合的應急特需藥品研發、生產體系，健全民族藥研發及產業化機制，滿足應急救治的藥物需求。
不僅如此，《工業轉型升級規劃》對于醫藥行業還有更高的量化要求：“十二五”期間，醫藥工業產值年均增速保持在20%以上，高于全部工業增加值年均增長8%的目標要求。
而《醫藥工業十二五發展規劃》從產業規模平穩較快增長、確保基本藥物供應、技術創新能力增強、質量安全上水平、產業集中度提高、國際競爭力提升、節能減排取得成效等幾個方面，對上述《工業轉型升級規劃》提出的目標進行了細化分解和具體落實。
例如，就技術創新方面，《醫藥工業十二五發展規劃》要求：建立健全以企業為主體的技術創新體系，重點骨干企業研發投入達到銷售收入的5%以上，創新能力明顯提高。“十二五”期間獲得新藥證書的原創藥物達到30個以上，開發30個以上通用名藥物新品種，完成200個以上醫藥大品種的改造升級，開發50個以上掌握核心技術的醫療器械品種。這一要求也高于《工業轉型升級規劃》對全行業所要求的“規模以上工業企業研究與試驗發展（R&D）經費內部支出占主營業務收入比重達到1%，重點骨干企業達到3%以上”。
在醫藥重點發展領域方面，《醫藥工業十二五發展規劃》要求：抓住國內外醫藥需求快速增長和全球市場結構調整的重大機遇，落實培育和發展戰略性新興產業的總體要求，大力發展生物技術藥物、化學藥新品種、現代中藥、先進醫療器械、新型藥用輔料包裝材料和制藥設備，加快推進各領域新技術的開發和應用，促進醫藥工業轉型升級和快速發展。
據悉，《工業轉型升級規劃》提出了完善產業政策體系及功能、強化工業標準規范及準入條件、加大財稅支持力度等8個方面的保障措施，確保主要目標任務的順利實現。《醫藥工業十二五發展規劃》則提出，將建立跨部門分工協作、共同推進的工作機制，加強對規劃實施的統一領導和精心組織，制定規劃實施細則，確保各項任務和措施落到實處。建立規劃實施動態評估機制，做好行業運行監測，及時做好發展形勢的分析和信息發布，引導產業健康發展。