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　　缺乏職責分離：在醫藥招商企業的一些關鍵崗位上，企業的所有者對自己信任的人過于信任，沒有職責分離意識。職責分離是指遵循不相容職務相分離的原則，實現合理的組織分工。所謂不相容職務，是指那些如果由一個人擔任，既可能弄虛作假，又能夠掩蓋其作弊行為的職務，不相容職務分離就是要求把不相容職務由不同的人擔任。在這種制度下，一名或一組雇員的工作必須與其他雇員的工作相一致或與其他雇員的工作相聯系，以便互相監督。例如一個企業的授權、簽發、核準、執行、記錄工作，不應該由一個人擔任。
 　　
　　缺乏信息記錄：適當的信息記錄是醫藥招商企業內部控制的重要方面，它既是其他控制有效性的保證，又是企業保持高效率經營和高質量信息的手段。但可惜目前中國很多本土的制藥企業缺乏對這項工作的重視，有些企業連最基本的產品流向都缺乏記錄，因此企業的很多決策都是盲目的。
 

　　缺乏內部審計制度：很多醫藥招商企業缺乏嚴格的預算體系，預算管理流于形式，產品成本核算粗放，難以實現有效的成本控制；資金管理沒有明確的計劃性，對資金有效使用效率的評估與考核不夠；同時還缺乏內部審計制度。        

　　缺乏合理的授權制度：醫藥招商企業的高層管理者獨攬了太多的權利，中層處于“執行多、權利少”的狀態，由于沒有明確得到授權，很多企業的中層就抱著“少干少犯錯”的原則，消極對待工作。