國家食品藥品監督管理總局在北京市宣武門西大街26號院悄然掛牌，原國務院食品安全辦、國家食品藥品監管局、質檢總局、工商總局的食品藥品監管職能正式進行整合。新組建的國家食品藥品監督管理總局改變了食品安全監管長期“九龍治水”的格局，使得食品安全監管環節從多段變成少段，執法環節大幅減少。
正式掛牌一年來，國家食藥監總局先后針對保健食品非法生產、非法經營等市場亂象；藥品領域特別是中藥材市場的違法經營、摻雜摻假、染色增重等為百姓所詬病的情況，以及嬰幼兒奶粉監管等緊密結合民生的領域進行了專項整治行動。
根據相關統計數據顯示，2013年食藥監系統共查處各類食品藥品違法違規案件近30萬起，移送司法機關3390件，搗毀制假窩點2986個，配合抓獲犯罪嫌疑人1萬余人。食品安全監管方面，2013年全系統共注銷生產許可證10332個、吊銷流通許可證1559戶。
記者了解到，今年國家食藥監總局將在監管體制改革及加快相關法律法規修訂的工作上進一步加大力度，指導地方進一步開展監管體制改革，充實基層力量并鼓勵鄉鎮設立基層監督所。同時，《食品安全法》《藥品管理法》等法律法規和相關標準以及不合格食品召回和停止經營相關制度也在修訂及完善之中。
2013年5月
保健食品打“四非”
2013年5月6日，一些由國家食藥監總局派出的暗訪組員裝扮成的“客商”出現在北京十里河保健食品批發市場、山東保健食品批發市場、河南鄭州航母城保健食品批發市場中。與其他造訪市場的買主關心商品和價格的表現不同，這些“客商”著重關注了產品的經營資質、產品資質、產品標簽標識甚至廣告宣傳。
幾天后，掛牌后的國家食品藥品監督管理總局召開了成立后的首場新聞發布會，宣布在5月初至9月底在全國范圍內開展打擊保健食品“四非”專項行動，包括打擊保健食品非法生產、非法經營、非法添加以及非法宣傳的行為。
發布會上，國家食品藥品監督管理總局副局長劉佩智介紹，調查發現，保健食品批發市場普遍存在產品來源不明、夸大產品功能和宣傳療效、非保健食品冒充保健食品等現象。
近日，記者從國家食藥監總局了解到，在該項行動中，全國共檢查保健食品企業近50萬家次，立案1萬多起，責令停產停業797家，吊銷證照47家，移送公安部門違法案件468件，移送工商部門非法宣傳案件3907件。
2013年7月
責令千家企業停產
2013年7月17日，國家食藥監總局部署藥品領域首個重大行動，針對藥品領域區域性系統性苗頭和潛規則性質藥品安全隱患，開展打擊藥品違法生產、違法經營、加強藥品生產經營規范建設和藥品監管機制建設為主要內容的“兩打兩建”專項行動。
針對中藥材市場的違法經營、摻雜摻假、染色增重、濫用硫黃熏蒸等多次被媒體曝光的問題，7月30日，國家食品藥品監管總局在京召開中藥材專業市場整治約談會，國家食品藥品監督管理總局相關負責人在會上表示，將拿出“刮骨療毒”的勇氣，對此類問題進行徹底的清理整頓。