九州通在年報里表示，公司已與騰訊微信展開一系列深入合作，開發實現了微信到線下藥店的O2O“藥急送”的業務功能，這也是醫藥行業與微信支付的首次親密接觸。
針鋒相對的是，與九州通幾乎同時進入移動支付領域的競爭對手海王星辰連鎖藥店，則在今年4月底選擇了與支付寶達成戰略合作。
資料顯示，2013年中國醫藥B2C繼續呈爆發式增長，全年交易規模達42.6億元，與2012年16億元的交易規模相比，增長了166%。其中，平臺式B2C交易規模達到25.8億元，占比50.56%；自主式醫藥B2C網站（醫藥B2C）的交易規模全年為16.8億元，占比39.44%。
醫藥電商化的腳步隨著“雙馬之戰”以不可阻擋之勢漸行漸近。
牽手雙馬
早在今年2月下旬，就有媒體曝出九州通與騰訊合作，不過九州通一直予以否認。
九州通旗下的好藥師網站是市場傳聞的主角。2011年7月，京東注資九州通旗下的北京好藥師大藥房連鎖有限公司，注資完成后，京東商城將與好藥師以合資公司的形式共同運營。不過由于合作陷入風波，去年8月份京東將所持49%好藥師股權全部轉讓給九州通，交易價格不低于4.7億元。當時京東對這筆交易回應稱，九州通與京東合作正常，京東好藥師的相關配送仍是京東。
不過在2013年年報中，九州通稱將自己的醫藥電商業務發展與各大電商平臺進行對接，但是針對與微信支付的合作則是實質性的進展。
九州通在年報中稱：除了在公司官網好藥師網站自主進行銷售，公司還在京東商城、天貓、1號店、庫巴、當當、亞馬遜上開設網上藥店。此外，公司還在京東SOPL、京東SOP、天貓等開通第三方商家交易業務平臺。報告期內，公司旗下好藥師線上業務與微信進行了業務合作，報告期末陸續開通了微信訂閱號“好藥師健康資訊”和微信服務號“好藥師”。
而其競爭對手海王星辰也與阿里巴巴進行了深度合作。海王星辰是目前國內直營門店數最多的跨區域連鎖藥店，全國門店共計2000多家。依照這家公司此前披露的說法，其在杭州和深圳地區的600家門店已經率先接入條碼支付，用戶結賬時，只要打開手機上的支付寶錢包，選擇“條碼支付”功能并出示手機，讓收銀員用條碼槍掃描，就可以完成付款。
海王星辰也是國內首批建立成熟會員體系和涉水O2O的醫藥企業，它獲得了藥監部門核發的《互聯網
藥品交易服務資格證》，現在則成為接入支付寶的首家
醫藥零售商。
此間，阿里巴巴還聯手云鋒基金對中信21世紀進行總額1.7億美元的戰略投資。阿里巴巴之所以斥重金入主21世紀，旨在拿到21世紀旗下河北慧眼醫藥科技有限公司95095醫藥平臺的網上藥品交易牌照。
業內人士稱，海王星辰與九州通雖然一個是藥店零售企業，一個是醫藥配送企業，但是如今卻通過移動電商成為了勢均力敵的對手，其背后的競爭實際上是微信支付與支付寶支付在移動端的較量。