通過實踐，臺州市局發現目前的藥品注冊核查存在一些不足：研發過程難以真實反映；由于注冊許可的時間限制，注冊核查人員一般都是一兩天內審核大量的申報資料和原始記錄，時間較緊張，核查人員不可能逐一審核所有項目原始記錄；現場核查方式比較單一，不分重點品種、重點項目，核查人員對所核查品種的研究情況不熟悉，難以把握核查的重點，影響核查的有效性和效率。

　　為從源頭上保證上市藥品的安全有效，2008年12月，臺州市局制訂出臺了《臺州市藥物研究日常監督管理辦法》（試行）（以下簡稱《辦法》），進一步規范藥品注冊行為。

　　《辦法》主要包括三方面的規定。一是實行藥物研究備案制。轄區內為申請藥品注冊而進行藥物臨床前研究和臨床試驗的企業，均應到市局進行機構登記備案和研究品種備案。各單位每半年向市局報送藥品研究品種匯總和研發進度情況。二是實行藥物研究日常監管。市局根據企業報送的各藥品研發階段時間點，制定日常監管飛行檢查計劃，對藥學研究、藥理毒理研究、臨床試驗及樣品試制過程的實施進行日常現場檢查；結合各企業的實際研究能力和生產能力，確定藥物研究日常監管的重點。三是建立藥物研究品種監管檔案。市局通過日常監管了解各研究品種的實際情況，將各品種的研究進展情況以時間表和備注形式進行記錄，以備注冊核查時進行核對；建立每家藥物研究機構每個經過日常監督現場檢查品種的監管檔案。

　　臺州市目前具有原料藥或制劑《藥品生產許可證》的企業48家，持有藥品生產批準文號1122個，近三年來，每年均有10~15家企業新取得國家藥品生產批準文號25~40個。2009年~2010年，該局共對14家單位的88個藥物研究品種進行了日常監管，取得了一些成效：初步實現了藥品注冊監管模式從事后檢查型向過程監管型轉變；形成以企業自控為主、政府機構監督為輔的藥物研究質量控制體系；部分企業初步建立了藥物研究質量控制體系，對企業的研發工作進行內部監督，形成藥物研究年度內審報告，促使企業加強對藥品研究工作的質量管理；有效遏制藥品研發中的不規范行為，目前許多企業不再隨意上報資料，注冊申報資料的質量較以前有所提高。