然而20世紀90年代以來，由于受到來自美、英等國的競爭壓力，德國在生物醫藥產業領域的支配地位被削弱。究其原因，他們認為主要是德國研發（R&D）投入不足，與經合組織（OECD）其他成員國相比，德國生物醫藥產業R&D投入所占份額連續降低，而英、法等國卻連續穩定增長。

 

　　德國生物醫藥產業的基礎研究工作是通過政府資助形式完成的。資助對象有研究機構（大學、研究中心等）和由國家研究委員會認證的國有科研部門。

 

　　據統計，德國75%的生物醫藥R&D投入是通過研究中心、項目中心等實施的。為加快生物醫藥產業發展，他們先后啟動了“生物醫藥產業2000計劃”、“2001年生物醫藥產業發展綱要等，在生物醫藥R&D方面發揮著重要作用，但是這些資助缺少明確的技術性目標。在生物醫藥公共研究開發方面，德國擁有自己的特色科研體系，包括92所大學的科學系或醫學系，以及各公共部門所屬的生物制藥研發機構。這些研發機構主要從事生物科技、科技中介、臨床試驗等方面的研究活動。幾乎所有的生物醫藥企業都與大學、公共研究機構有著密切的合作。其中，生物技術公司主要是利用國家知識創新基地從事研發創新，而大型的制藥企業主要是尋找全球合作伙伴，打造制藥產業基地。

 

　　知識和資金是德國生物醫藥創新體系的主要因素。知識來源主要是大學、公共科研機構，生物醫藥產品的創新與發展主要來自制藥企業。

 

　　此外，生物技術公司也在技術創新中承擔著重要的作用。在資金方面，私人資金、風險投資在近些年德國生物制藥產業的發展中起到了關鍵作用，其結構性的變化對高新技術企業有著重要的影響，尤其從一個早期階段到晚期階段的重大轉折時期，風險投資發揮著重要的作用。