該院前身為1978年創建的哲里木盟醫學院。學院在創建初期僅有1個蒙醫專業的基礎上發展為蒙醫學、蒙醫骨傷、蒙藥、藥物制劑和高級護理5個專業，其中蒙醫學為自治區重點學科，蒙藥學為自治區示范課程。學院在教學層次上門類齊全，面向全國招收碩士研究生、本科生、大專生，培養的蒙醫藥人才在內蒙古及新疆、青海、甘肅、遼寧、吉林、黑龍江等地區的醫藥衛生事業中發揮著骨干作用。

蒙醫藥學院使用蒙語教學，教材的編寫出版是一項極為繁重的任務。學院組織教授、蒙醫藥專家編寫教材，先后編寫出版了25部本科教材、14部專科教材，保證了教學需要。其中，11部教材榮獲國家教育部及自治區優秀教材。2003年，學院啟動了《21世紀教育振興行動計劃》項目蒙醫藥43部高等院校規劃教材的編寫工作。

為提高教育教學質量，該院努力探索和實踐產、學、研一條龍發展的新路，大力加強科研平臺建設，現已建成“蒙藥研發國家工程實驗室”、“國家民委教育部蒙醫藥研發工程重點實驗室”、“內蒙古自治區蒙醫藥研發重點實驗室”、“內蒙古高校蒙醫藥研發工程重點實驗室”、“內蒙古醫藥衛生蒙醫藥重點實驗室”5個實驗室。該院還致力于將科研成果轉化為產品推向市場，造福民眾。近年來，在沈陽藥科大學、中國中醫研究院及通遼蒙藥制藥有限公司的支持與協作下，研制生產了多種蒙藥新藥。