公立醫院收入主要有以下4個部分：醫療服務收入、檢查收入、藥品耗材收入和財政補貼。顯然，破除“以藥養醫”，指的是藥品收益不再是醫院補償資金來源。政策意圖顯然不是用檢查和耗材收入替代藥品收入，那剩下的補償資金來源就只有增加醫療服務收入和增加財政補貼了。

通過增加財政補貼來消除“以藥養醫”是過去三年基層醫改的思路，基本藥物零差價制度也是這個思路，但是這個做法有待商榷，部分原因是地方政府、沒有意愿也沒有能力增加財政補貼，根本原因則是財政養醫導致論資排輩的平均主義大鍋飯分配制度，顯著降低了醫務人員的工作積極性，加劇了城鄉居民的看病難的困境。新的縣級公立醫院改革方案不再要求由財政來負責醫務人員的薪酬，因此，破除“以藥養醫”就需要配套方案，以提高醫療服務價格和改革醫保付費方式。

大致說來，若要真正破除“以藥養醫”，按照目前的水平，醫院的藥品收入大致還應擠壓掉40%左右（15%+返利+回扣）的水分。與此同時，總體上醫院的醫療服務收費要大致翻一番左右，才能真正實現“以醫養醫”。

需要指出的是，醫院這種收入結構的調整，并不會增加患者和醫保的經濟負擔。醫院收入的這種“平移”意味著公立醫院收入結構的根本性變化，意味著公立醫院收入開始走向規范化和透明化，問題是醫務人員收入部分能否同樣走向規范化和透明化？進一步的問題是，公立醫院能否真正獲得收入分配自主權和必須與之配套的用人自主權，以建立規范透明的“多勞多得，優績優酬”制度。而如果醫院的實際收入分配走向了論資排輩的平均主義大鍋飯制度，醫院如何保證效率？

基于同樣的道理，醫保付費機制改革也會遭遇類似困境。總額預付、DRGs、按人頭付費等新型醫保付費方式的基本原理是，在保持醫院總收入水平不下降的條件下激勵醫院及其醫生盡可能減少不必要的浪費，控制醫療成本。問題是，這些由醫生努力降低成本增加的盈余可以全部分配給醫務人員嗎？能形成公開透明的收入差距嗎？如果答案是不能，那醫生為什么要以犧牲自己的回扣收入為代價（醫院則以犧牲返利為代價）來降低藥品和耗材費用呢？如果醫生和醫院沒有降低醫藥成本的動力，新型醫保付費方式改革又有什么意義？

也就是說，若要新型醫保付費方式有效發揮作用，有賴于公立醫院收入分配制度的改革，這同樣面臨前述醫療服務價格提高帶來的一系列問題。這就涉及到了更深入一步的問題：如何建立和完善公立醫院法人治理機制？

上述問題最后都歸結為一個問題，我們能夠在公立醫院壟斷醫療服務供給的條件下完成上面的改革嗎？