城鄉分割的戶籍登記制度即將取消，但城鄉不同醫療保險制度間的分割仍然存在，由此導致的重復參保問題也未能解決。據媒體報道，新型農村合作醫療（簡稱新農合）、城鎮居民基本醫療保險（簡稱居民醫保）、城鎮職工基本醫療保險（簡稱職工醫保）三大制度的全國重復參保率目前在10%左右，超過1億人重復參保，每年財政重復的無效補貼超過200億元。
我國長期以來實施“城鄉分治，一國兩策”的二元社會政策，在農村實行的是新農合，而在城市實行的是職工醫保和居民醫保。由于新農合無論是籌資水平、還是補償力度，均低于職工醫保和居民醫保，參保者為了減少可能發生的醫療負擔，一些已參加新農合的農民工，在城鎮工作時，又選擇參加流入地的職工醫保。此外，逐漸推廣的居住證制度使流動人口不受戶籍限制，已經參加新農合的流動人口，為了避免異地報銷困難，也選擇參加居民醫保。
新醫改以來，雖然醫保的覆蓋面在不斷擴大，但其制度性缺陷也日益凸顯出來，尤其是城鄉分割暴露出政策的公平性不足。目前，醫保的高覆蓋率并沒有從根本上解決“看病貴”，“因病致貧、因病返貧”的現象仍然存在。在重復參保現象嚴重的流動人口中，農民工占據了絕大多數，由于僅靠參加戶籍地的新農合，不僅存在補償
標準低的問題，還會遇到異地報銷困難等困難。
目前，職工醫保和居民醫保隸屬于人社部門管理，而絕大多數地區的新農合被劃歸衛生部門管理。為了爭取部門預算和財政補貼，管理部門之間爭搶參保人員，誘導了多頭參保、多頭報銷的現象。近年來，要求建立城鄉一體化、整合三大醫保制度的呼聲也越來越高。
早在2009年的新醫改方案就提出，“探索建立城鄉一體化的基本醫療保障管理制度。”2012年4月，“十二五”醫改規劃再次提出“加快建立統籌城鄉的基本醫保管理體制”。去年，十八屆三中全會的《決定》也明確指出，“建立更加公平可持續的社會保障制度”、“整合城鄉居民基本醫療保險制度”。
但整合三大醫保制度無疑會觸碰到部門利益，到底由誰來整合，人社部門和衛生部門看法迥異。人社部門認為，人社部門不僅具有長期管理醫療社會保險的機構、人員、經驗積累與信息系統，而且和醫療方沒有直接利害關系，由人社部門整合比較合適。衛生部門則認為，衛生部門管醫保，屬于“一手托兩家”，既管理醫療又管理醫保，需要同時考慮參保人和
醫院的利益，可以更有效地使用好醫保資金。兩大部門的立場爭鋒相對，導致整合推進緩慢。
去年4月發布的《關于實施國務院機構改革和職能轉變方案任務分工的通知》曾要求，當年6月底前完成整合三大醫保。然而，已經過去一年多，目前，只有七個省份完成了居民醫保和新農合的整合。大多數地方的城鎮兩大醫保仍由地方人社部門管理，新農合仍由衛生部門管理。
眼下，在三大醫保還難以實行統一管理的情況下，應該加強各管理部門之間的信息共享。由于新農合與職工醫保、居民醫保采用不同的信息系統，信息未能實現共享，這為重復參保埋下隱患。為方便流動人口參加醫保，克服重復參保現象，建立統一的信息平臺，發放全國通用的醫療保險卡迫在眉睫。早在2011年，人社部就開始部署全國社保卡統一工作，居民身份證號作為唯一社保卡號。應盡快推進這項改革，使社保卡全國范圍內通行，規避重復參保情況的發生。
雖然加強對參保人員的管理有助于防范重復參保，但應該看到，重復參保的深層次原因還在于，城鄉沒有建立統一的醫保制度，城鄉居民不能公平地享受經濟、社會的發展成果，重復參保是農民工的一種無奈的“理性選擇”。
當前，一些地方已經開始試點城鄉醫保“均等化”，將保障水平差別不大的新農合和居民醫保率先整合，有力地防止了重復參保，也降低了管理成本。因此，參照試點的成功經驗，盡快整合城鄉醫保。首先將新農合和居民醫保交由一個部門統一管理，統一基層機構辦理，城鄉居民可以自由選擇參保種類，由于是一個部門辦理，就避免了重復參保現象的發生。對一些有條件的地區，可以建立一體化的城鄉居民醫保統籌政策，取消人為設置的城鄉醫療保險制度的差別，從根本上杜絕重復參保，體現制度公平。