投喂EM的餌料或用EM噴灑水體，可是機體內某些酶的活性提高或降低，從而改變有害微生物的生存環境，不利其生長，同時還能刺激魚、蟹、蝦珍珠蚌的免疫系統，增加其消化和抗病抗應激能力。EM能在一定程度上改善機體的微生態環境，促進魚體的攝食、消化和吸收，使魚類表現出較佳的生理狀態（血液學指標明顯改善、耗氧率下降），從而具備較高的抗逆性（如抗病、抗低氧等）。

EM為畜禽提供多種生物活性物質，可有效抑制或消除機體內的病原菌（如大腸桿菌、沙門菌、志賀菌等）的生長，是有益菌群增加，增加機體的免疫力，提高抗病、抗應激能力，降低畜禽的發病率和死亡率，促進動物健康生長，使得養殖過程中少用或不用抗生素或其它化學藥物。

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